福建省厦门第六中学创办于1953年，其前身是厦门私立中级文化补习学校。1954年春，学校迁址江夏堂，同年又搬至现厦禾校区。1955年，经厦门市政府批准，更名为厦门私立思明中学。1956年9月6日，经省政府批准，改为福建省厦门第六中学。1971年秋，学校开办高中班，从此成为一所完全中学。
1980年，学校试办职业高中。1991年，创办厦门女子职业学校。1997年，女子职业学校分离出去。近十年来，学校实现了超常规、跨越式发展，办学效益得到了社会的广泛赞誉，1993年被省教委直接定为省二级达标学校，1998年成为全省26所一级达标学校之一，步入名校行列。
2003年，在厦门市新一轮教育改革中率先实施与东渡中学合并，实行高初中分设办学，学校分厦禾、东渡两校区，厦禾校区为初中部，东渡校区为高中部；合并后即扩建高中部，扩大优质教育资源。在厦门市第一所正式申报示范性高中，并于2004年以较高分数通过市级验收。加强同世界教育的交流与合作，积极探索合作办学新路子。与建中教育信托基金合作创办“出国留学实验班”，与菲律宾光启学校合作开办中国文化培训班。如今的厦门六中已发展成为厦门市规模最大、设备一流、师资力量雄厚的著名学府。
学校校园占地面积97648平方米，有教学楼、行政办公楼、现代教育技术中心、网管中心、艺术教育综合楼、实验楼、天文馆、图书馆、学生活动中心、学生宿舍、大礼堂、体育馆、400米标准的塑胶运动场、25米*50米室外标准游泳池等主要建筑。教学区、运动区、生活区布局规范合理。初中部教学实验综合楼于2008年9月奠基，该工程总投资4000多万元，建筑面积约为17300平方米，主体建筑12层，预计2009年底竣工。学校校园环境优美，校园雕塑、绿化景观、休闲庭院、下沉式广场、地理园、天文馆等巧妙安排，点缀其中，自然景观与人文景观水乳交融。
学校拥有全国一流的中学校园网。完善和高级别的网络设施，万兆光纤骨干链路，13台高级服务器，4000多G的网络存储容量，并配有硬件防火墙、网站过滤器等安全设备。先进的教学资源体系，拥有900多G的海量教学资源库。校务管理平台、远程学与教平台、远程视频教学系统等各种软件的应用日趋完善。建有高考听音系统、校园电视台、演播室，可同时播放8频道的节目，有摄像机、编辑机、非编系统及DVD、VCD制作设备；网络走进教室、实验室、办公室，实现了教室教学多媒体化和教师备课、办公电脑化。六中网站访问人次居福建省中小学校网站前列。学校图书藏量丰富，图书管理、编目、查询和检索全部实现电脑化，逐步迈向数字化，教学仪器充足，实验设施完善，劳技艺术设施到位，体育馆、艺术馆设备齐全。
学校现有100个教学班，学生4537名，教职工369名。学校拥有一个教育观念新、管理能力强、年龄结构合理、勇于改革创新、团结协作的领导班子和一支教育观念较新、富有开拓意识、教育科研能力较强、爱岗敬业、朝气蓬勃的教师队伍，现有特级教师6人，国家级、省级骨干教师26人，市级骨干教师35人，省市学科带头人14人，硕士学位研究生26人。