本校於民國三十六年八月由台灣糖業公司創立，原名台南縣私立台糖初級中學，創立之初，校舍即今三光齋教職員宿舍及新營總廠
中山堂，時僅有學生四班。三十七年夏，設立於台北之私立台糖中學南遷，與台南縣初級中學合併，改名為台南縣私立南光初級中學。是年學生增至六班，共二百餘人，並有第一屆畢業生離校。 民國三十九年夏季再增設高中部，並改名為「台南縣私立南光中學」，同時增聘老師，建科學館、技藝館、勞美館、教職員宿舍、學生宿舍及膳廳、增購儀器圖書、修築道路，使學校環境煥然一新，至四十二年秋，學生已增至四百餘名，教職員工近五十人，並有高中第一屆學生畢業。 民國四十六年秋受台糖公司之委託增辦高農科，於新營副產工廠東側添建農科校舍，先後畢業四屆，皆由台糖公司甄試後分發各廠服務。惟自五十學年度因公司之需要，政策之調整，高農科停招。民國五十六年教學館成立，定名為介壽樓。 民國六十八年八月奉命改稱為今名「台南縣私立南光高級中學」，更增設機械製圖科兩班。七十八年南光校譽日隆，為應各地考生要求除以排除萬難增辦國中一班外（每一年級為三班，原為兩班），並於高職部增設資料處理科。閱二年，學校日新又新，各方嘉譽，紛沓而至，外地就讀學生尤年增加。學校乃特案呈請校董會，斥資參仟餘萬元，興建一擁有空調及現代化設備之學生宿舍一棟。另增設國中部大樓一棟，定名為勤學樓。 越三載繼為加強教學，鍛練學生體魄，學校於民國八十七年九月七日完成現代化運動場一座，跑道設計採最PU材質。九十年夏新建教學兼辦公大樓仁愛樓落成啟用，整個校區建築面貌為之一新。 南光創校歷經六十餘載，造士無數，於今興盛再起，今後締新自當一日千里，更其輝煌有成矣。