民國八年四月八日在孔子廟海東書院的校舍成立了台南市第三公學校，此即是本校前身。首位校長 井上德藏 ，一年後即回 日本 ，由 米田 龜太郎接校長一職。民國十七年更改校名為台南市末廣公學校。民國十九年，招生日多，容納不下，遂在現址建了五間教室，將五、六年級學生遷移至此，爾後陸續在現址增建更多校舍，分批逐年將學生移至此校舍，直至七十八年，現址已有五十六間教室之規模，當時此等規模為全台罕見。那時為了減輕本校之容納，在台南市設立了竹園公學校（勝利國小）、汐見公學校（忠義國小）、優見民學校（公園國小），將部份學生遷移過去。民國三十年本校改稱台南市末廣國民學校、兼設高等科，時值二次大戰，一切物質人力皆支援前線，慘澹經營中也漸有格局規模。民國三十四年，盟機轟炸台灣，全部校舍全毀於煙火之中，至今校園中庭的椰子樹，尚留有昔日斑斑之彈孔，每一痕跡均為當年的史蹟留下鮮活的證據。椰影搖曳，依舊彈痕累累多年未改，只是物換星移，而日據時代的末廣學校就隨著盟機的離去走入歷史，代之而起的即是國民政府所領導的進學國小。
光復後（民國三十四年）周廷壽校長奉令接鈴，同年停辦高等科，在民生物資極度缺乏下，周校長大力奔走，努力為興建教室籌措款項。十幾年來，新建教室一間一間完成，水交分班逢甲（新興國小）分校、大林分校（
大同國小）亦紛紛獨立。在周校長的努力經營之下十年風貌已一改當年烽火蹂躪下的殘破，整個建築規模展現新穎、現代之風格。十年樹木，春風化雨，多少矜矜學子在走過台灣蓽路藍縷、經濟起步的年代，如今校友個個是社會棟樑之材，正擔負國家邁向二十一世紀的掌舵中生代，周校長一生歲月盡奉獻於教育。 民國五十年周校長退休，周校長文生以督學身份兼任校長，一年後榮調社教股長，由當時國教課長李嘉謨接任校長一職，直到民國六十二年，由前任郭校長再續接鈐，每位校長除了致力興建校舍、發展才藝、教育學生，並積極爭取社會資源，聯合校友、家長會之力量，為校盡回饋之力。現在禮堂即是校友 鄭旺 先生贈建，校友之情山高水長。 民國五十七年九月一日 ，實施九年一貫教育，本校奉令改為台南市南區進學國小。