台灣受日本統治後之第二年，即民前十六年（西元一八九六年），在今苗栗市北苗里之義民廟設立「苗栗國語傳習所」教授日文。民前十五年（西元一八九七年）十月派日人早間恆先生為本校首任校長。次年十月一日奉台灣總督府令將「苗栗國語傳習所」更名為「苗栗公學校」，成為苗栗地區最早之學校。次年十月學校遷至本市中苗里六十四號（即現在本校之東邊），並附設「小學科」專收日人之子女就讀。民前十二年（西元一九００）四月廢止「小學科」，於中正路之省立苗栗農工現址，另設「苗栗小學校」，供日人及少數台灣士紳之子女就讀，與一般公學校有所差別。民前十一年四月設置分教場收容第一學年學生六十七名。 民前九年（西元一九０三年）三月舉行首屆畢業典禮，畢業生只有男生二人。民前二年廢止分教場兒童全部收容本校校舍。創校至民前四年（西元一九０八年）四月初次有女生五人入學（同年入學男生八十六人），首開女生就學之門。直到民國元年（西元一九一二年）二月新建校區完成，才遷入現址（苗栗市中正路二四一號）。 民國四年（西元一九一五年）四月設立「四湖分教場」（即今西湖鄉西湖國小），次年四月設立「頭屋分教場」（即今頭屋鄉頭屋國小）。民國六年（西元一九一七年）三月之業典禮，首次有女生畢業，當時之畢業生男生七十五人，女生才二人。民國七年（西元一九一八年）四月「四湖分教場」獨立，稱為「鴨母坑公學校」。民國九年（西元一九二０年）四月「頭屋分教場」也獨立，稱為「頭屋公學校」。 民國十二年（西元一九二三年）四月本校附設「二年制高等科」，招收公學校畢業生經考試入學，但日人優先，民國十四年（西元一九二五年）三月高等科首屆畢業典禮，畢業生男生三十七人，女生十一人。民國十九年（西元一九三０年）四月一日奉令校名改為「苗栗第一公學校」，同年同時將本校學生分出部分，成立「苗栗第二公學校」（即今
大同國小）。民國三十年（西元一九四一年）四月一日又依當時苗栗署衙之方位，將校名改為「苗栗東國民學校」。苗栗第二公學校則改為「苗栗南國民學校」，直到臺灣光復。民國三十四年（西元一九四五年）十月二十五日臺灣光復，同年十一月十五日新竹州接管委員會派羅振相先生接收本校，次年三月一日奉令校名改為「新竹縣立苗栗鎮第一國民學校」，同年三月二十六日舉行光復後第一屆畢業典禮。同年四月一日奉命校名又改為「新竹縣苗栗鎮中心國民學校」。民國三十六年一月一日奉令校名改為「新竹縣立苗栗鎮建功國民學校」。同年三月三十一日廢止「高等科」，高等科第二十三屆畢業後結束。 民國三十九年十月二十五日苗栗設縣，校名改為「苗栗縣苗栗鎮建功國民學校」。同年八月將學區之福麗里、新川里一至五年級學生分出，設立「文山國民學校」。民國四十四年八月又分出福星里、嘉盛里一、二年級學生，設立「福星分校」，福星分校於民國四十五年八月獨立稱為「啟文國民學校」。民國四十九年八月分出青苗里、維祥里部分學生，與大同國校分出之學生，成立「僑育國民學校」。民國五十三年八月設立「新英國民學校」，新英里在本校就讀之學生，全部回新英國校就讀。新英里原屬大同國校學區，當時因路途遠，為顧及上下學之方便，由南勢搭火車到苗栗站，然後徒步到本校上學，而形成越區就讀之情形。 民國五十七年八月一日全國實施九年國民教育，國民中學免試入學，校名改為「苗栗縣苗栗鎮建功國民小學」。民國七十年十月二十五日本鎮改制為「縣轄市」，校名即改成現在的「苗栗縣苗栗市建功國民小學」。民國七十四年四月教育部派員評估本校設立特殊才能－「舞蹈班」相關事宜，同年六月奉准成立「舞蹈實驗班」。當年八月招生，因苗栗地區民風淳樸、保守，同時對實驗班了解不多，報名人數不甚踴躍，只有四十一人，其中他校生才一人，甄試結果錄取二十六人，（男生一人，女生二十五人）為本校第一班舞蹈班。民國七十九年八月成立「啟聰班」，招收聽力損傷在四十分貝以上，而無其他身心障礙之學齡兒童。民國八十一年八月成立「啟聲班」，招收構音、智力、聽力以及學習、模仿、類化等能力呈現明顯差異之學生，推展特殊教育，落實國民教育。 本校創校百年來，得歷任校長、主任、老師之努力奉獻，以及家長們之支持，營造了優異的校風，更造就了無數優秀傑出的人才，個個均成為社會、國家之棟樑，使「建功」美好校譽，馳名中外。未來要秉持優良的傳統，繼續努力，期本校優良校風更發揚光大，同心努力再創「建功」新世紀。