本校於民國四十四年秋創辦,初為省立花蓮女中分部,四十九年十一月改制為花蓮縣立
吉安初級中學,郭寶祥先生為首任校長。五十七年實施九年國教,改為花蓮縣立吉安國民中學。溯自創辦至今四十餘年,歷經郭寶祥先生、李慕懷先生、曾慶裕先生、洪富盛先生、李文成先生、及簡富雄先生及盧鎮岳先生等諸位校長及教職員工之努力,奠定了良好的基礎,目前環境優美宜人,體育館、教學大樓及行政大樓巍然矗立,教學設施逐漸充實,學生在春風化雨薰陶下,皆身心健全,樂觀進取。 現任校長李明華先生,於民國九十二年八月到任,除秉持優良傳統繼續發展校務外,並極力配合九年一貫課程之推展,與全校同仁致力「全人教育,多元發展;尊重關懷,健康快樂;主動積極,團隊合作;宏觀卓越,樸實學風。」的學校願景之實現,期使吉安國中成為一流的學校,學生的樂園。