中国医学科学院（下称院）成立于1956年，是我国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性医学科学研究机构。
北京协和医学院（下称校）由美国洛克菲勒基金会于1917年创办，是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的重点医学院校。党中央、国务院和国家历届领导人对院校的发展十分关心支持。江泽民主席1997年亲笔为院校题写了“严谨、博精、创新、奉献”的院校训；胡锦涛主席和温家宝总理对院校发展寄予了深切关注和殷切期望，温家宝总理指出：“协和具有办学的有利条件和优良的教学传统，应该办好，也一定能够办好，办出协和的特色，为国家培养高质量的医学人才。”
医科院与协和医学院实行院校合一的管理体制，医科院为协和医学院提供雄厚的师资和技术力量，协和医学院为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。院校设有18个研究所（以及5个分所）、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学院、1个研究生院和５所分院。院校拥有一大批在医药卫生领域内经验丰富、学术水平较高并做出杰出贡献的著名专家、教授。现有中国科学院和中国工程院两院院士24人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授15人，长江学者讲座教授2人，杰出青年基金获得者32人，国家级和部委级有突出贡献的中青年专家89人，国务院学位委员会委员1人、学科评议组成员9人（其中3人为学科评议组组长），在岗博士生导师398人，硕士生导师665人。
协和医学院坚持小规模招生、高层次培养、高质量输出的办学宗旨，在长期的办学实践中，凝练出“坚持医学精英教育、实行高进优教严出、注重能力素质培养、强调三高三基三严、开放办学博采众长、传扬优良文化传统”的办学特色。我校是首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，现有一级学科博士授权专业点7个、一级学科硕士授权专业点3个，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。现有一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科8个，三级学科国家重点学科2个，国家重点培育学科1个。可分别授予医学博士、理学博士（哲学博士）、医理双博士、工学博士、医学硕士、理学硕士、工学硕士和管理学硕士等学位，每年授予博士学位人数位居全国医学院校首位。现有各类在校生4075人，其中研究生2969人占73%，本科生869人占21%，专科生237人占6%，呈典型的“倒金字塔”结构。多年来为国家培养了大批优秀的临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理学家，为我国医学教育、医学科学研究和医疗卫生事业的进步和发展做出了积极的贡献，在国内外享有很高的声誉。
院校科研实力雄厚，医学科研包括基础医学、临床医学、预防医学、药物以及与医药学有关的生物、物理、化学等相关学科，覆盖了医学科学各领域。拥有6个国家级重点实验室、10个部门开放实验室、2个国家级工业试验基地、17个国家级中心、6个博士后科研流动站以及11个世界卫生组织合作中心。“十一五”期间，承担各类科研项目共计6367项，累计获科研项目资助额达22.1亿，其中国家级科研项目资助金额占61%；累计获各类科技奖励成果199项，其中国家科学技术奖24项；累计获准专利215项，新药证书7项；累计发表SCI论文3877篇，位居全国医学院校之首。
院校拥有6所直属医院（北京协和医院、阜外心血管病医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院）和一所共建医院（北京天坛医院），病床近5188张，集综合性医院和专科医院于一体，在心血管疾病、恶性肿瘤、血液病、疑难皮肤病、遗传性疾病、器官再造、自身免疫性疾病、内分泌疾病等重大疑难疾病的诊治方面达到国内领先和国际先进水平，形成了国内外闻名的医疗、教学和科研紧密结合的医疗服务体系。众多著名医学专家是院校高超医疗水平的集中体现，他们是国家医疗保健委员会、国家医学考试委员会、国家医疗事故鉴定专家委员会、中华医学会的核心力量，也是我国医疗新技术、新标准的倡导者和开拓者。
院校图书馆是我国历史悠久、藏书最为丰富的医学专业图书馆，被誉为“协和三宝”之一。2000年被指定为国家科技图书文献中心医学分中心，也是联合国世界卫生组织卫生与生物医学信息合作中心。藏书以生物医学书刊为主，总量超过50万册，其中尤以外文医学期刊较为丰富，许多重要期刊都是从创刊号成套入藏，目前外文医学期刊收订达5000余种。此外，还藏有千余部中医古籍。所拥有的中国医学文献分析和检索系统面向全国开放，丰富的馆藏资源为教学、科研和医疗工作提供了宝贵的资料和信息平台。
院校十分重视开展国际学术交流与科技合作，与数十个国家（或地区）的医学院校和科研机构建立了科研、教育、医疗领域的合作关系，有200余名国外专家学者被授予名誉教授或客座教授，其中包括数位诺贝尔奖获得者。经国务院学位委员会批准，我校分别授予马耳他共和国前总统文森特•塔博恩和美国中华医学基金会前主席布坎南、施瓦茨名誉医学博士学位。美国前总统克林顿、世界卫生组织前总干事李钟郁先生都曾到院校访问交流。自1985年以来，我校相继与美国哈佛大学医学院、美国加州大学旧金山分校医学院、美国密歇根大学医学院、澳大利亚西澳大学医学院及香港中文大学医学院签订了校际交流协议，彼此交换高年级学生到对方学校进行短期临床学习。经国家教育部批准，1993年起学校可自行接收政府计划外自费留学生，1997年起又获准招收我国台湾、香港和澳门地区学生来校学习。目前，院校已成为国际医学科学研究组织正式成员单位。
在2002年教育部、卫生部签署共建协议的基础上，在国务院领导同志和教育部、卫生部的大力支持和推动下，2006年9月，我校与清华大学实行紧密合作办学，可同时使用“北京协和医学院--清华大学医学部”作为第二名称，学校仍为独立法人单位，并进入“211”和“985”工程建设行列。两校强强联合办学，共同探求中国高等医学教育改革的创新模式。
在中华民族实现伟大复兴的历史进程中，面对前所未有的战略发展机遇，院校确立了将北京协和医学院建设成为国内一流、国际知名的以精英教育为特色的研究型医学院校，将中国医学科学院创建成为中国医学科学研究创新体系核心基地和新型国家医学科学院的战略发展目标。协和人坚信：几代协和人同心同德、和衷共济、勤奋耕耘、开拓创新，一定能够实现自己的宏伟目标，一定能够为我国医学科学事业和高等医学教育事业作出新的更大贡献！