厦门国家会计学院是经国务院批准成立的财政部直属事业单位，成立于2002年1月。学院实行董事会领导下的院长负责制，学院董事会成员单位由财政部、中央组织部、国家发展和改革委员会、国务院国有资产监督管理委员会、商务部、教育部、人事部、中国人民银行、审计署、国家税务总局、中国证券监督管理委员会、中国银行业监督管理委员会、
北京市人民政府、
上海市人民政府、福建省人民政府、厦门市人民政府、上海市财政局、厦门市财政局、清华大学、厦门大学、上海财经大学和北京、上海、厦门国家会计学院等组成，董事会主席由财政部部长担任。