一九九0年，泰國的賽克牧師來台舉辦特會，把公元二千年的異象放在台灣眾教會的面前。當時台北靈糧堂看見在台灣大量植堂的需要，以及承接宣教使命的必要性，周神助牧師遂與同工研商籌辦神學院的可能性。經同工首肯，便開始第一屆的招生。因此，這個神學院是建立在植堂與宣教的異象之上。
本院首任院長由周神助牧師擔任，第一屆有十二位同學入學，在師資、人力都不足的情況下，就在靈糧堂宣教大樓七樓開始上課。早期同工包括劉群茂牧師、萬小運牧師、徐貴惠牧師。
一九九二年喬美倫老師加入專任教師行列，一九九四年朱柬牧師成為本院的特任老師。一九九五年謝宏忠牧師、謝陳麗貞師母由美返台，加入全職教師行列。一九九六年周牧師將院長職交謝宏忠院長。一九九七年學院首屆畢業生蔡俊杰老師回校任專任老師，後來被差派去開拓花蓮靈糧堂。二○○一年林瑋玲老師成為專任老師。二○○四年張雅謙老師由美返台任教。二○○九年黃一成牧師、二○一○年葉美珠老師亦相繼由美返台任教。行政同工也由一位增加到七位。
學院在宣教大樓運作多年，地方一直不敷使用，終於在一九九八年八月遷至靈糧山莊。在山莊我們不但有方便的辦公室，完善的圖書館，多元化的教室，更有足夠的活動空間供師生使用。惟獨學生宿舍因學生不斷增加而經常需要擴充。
學院這些年致力圖書設備的增添，目前館藏約有一萬九千多冊書籍，和不斷增加的影音教材，學生有完備的空間使用圖書館，也有電腦化的設備幫助他們學習。
一九九八年開始成立校友會，由蔡俊杰老師負責經常性的校友聯絡。不但發揮關懷的功能，同時也籌辦校友的特別聚會，來滿足校友的各項需求。
目前的六位專任老師，大都兼任學院行政主管。謝宏忠院長兼任教務處，謝陳麗貞師母負責輔導處，喬美倫老師負責實習處、外展處和生命培訓學院，林瑋玲老師負責企劃處。張雅謙老師負責圖書館和舍監的工作。
迄今二○一○年，本院的畢業生總人數為150人，在校生66人，選修生63人。畢業生中在本堂服事有39人，分堂63人，友堂39人，宣教6人，帶職事奉3人。
邁向新的世紀，相信學院在上帝的引導下，將朝向更多瞭解社會脈動，更加寬關懷視野，更先進的教學管道前進，期以訓練出更多合乎主用的傳道人，以滿足主在新世紀對教會的呼召。