创建于19、20世纪之交的圣约翰大学医学院、震旦大学医学院和同德医学院三座古老的医学殿堂，于1952年合并成立了
上海第二医学院，1985年改名上海第二医科大学。2005年7月，两所有着百余年办学历史的大学——上海交通大学和上海第二医科大学合并，成立了新上海交通大学和上海交通大学医学院。
医学院坚持发扬“海纳百川、博采众长”的优良传统，大力弘扬“博极医源、精勤不倦”的医学院精神，逐渐形成了富有自身特点的办学风格和特色。两校合并之后，医学院人在“除人类之病痛、助健康之完美”的孜孜追求中，又融入了上海交大“饮水思源、爱国荣校”的责任与梦想。
学院拥一批国内著名的医学专家和学者，有中国科学院院士1人，中国工程院院士10人，国家“973”项目首席科学家4人等一批在国内外有一定影响的学者。三级以上教授有57人，这些老专家大多有了第二代或第二代传人。随着“211工程”、“跨世纪人才培养工程”全面实施，医学院以创新思路大胆引进海外顶尖人才，加大人才培养力度，一批在国内外有影响的学科带头人和优秀中青年骨干脱颖而出。
在党的教育方针指导下，根据社会对医学人才的需求，学院的办学规模和教学质量有了很大的提高。从建校初期的2各本科专业、3个专科专业发展为有临床医学八年制和口腔医学七年制两个长学制专业和临床医学、预防医学、医学检验、护理学、公共事业管理、生物医学工程、营养学、市场营销、药学等本科专业。
学院历来重视基础与临床教学基地建设，在长期的医学教育实践中，形成了重视临床实践、全面提高素质、严格质量把关、力求改革创新的教学传统和特色。目前拥有瑞金医院、仁济医院、新华医院、上海市第九人民医院、上海市第六人民医院、上海市第一人民医院、上海市第三人民医院等7所综合性附属医院和上海市精神卫生中心、上海市儿童医学中心、国际和平妇婴保健院、上海市儿童医院、上海市胸科医院等5所专科性附属医院和16个临床教学中心，核定床位11999张，是全国临床教学资源最丰富的医学院校。
学院学术气氛浓厚，学科优势明显，现有国家教育部重点学科10个，国家重点实验室和工程中心3个，教育部重点实验室和工程中心3个，卫生部重点实验室4个，世界卫生组织（WHO）合作中心3个，及一批“211工程”重点建设学科。学院科研成果卓著，科研项目经费数始终在国内医学院校中处于领先地位。科研项目、科研经费及国家重大重点项目承担数在全国医学院校中处于领先地位。“十五”以来，医学院共获得市（部）级科技成果奖211项，其中国家自然科学二等奖1项，国家科技进步奖3项。
学院有悠久的国际学术交流传统，经过多年的努力，特别是改革开放以来，学校的国际教六工作有了很大发展，形成了层次高、效益好、交往面广、民间色彩浓、国际影响大的特点。
学院环境优美，拥有良好的硬件设施好学习环境，原震旦大学的法式建筑镶嵌在园林式的绿树丛中，四百亩闵行校区也已列入规划，美丽的校园充满了勃勃生机。
学院教学管理严谨，重视教学研究，是国内最早成立医学教育研究室的院校之一，１９９８年又成立了全国高等医学教育学会临床医学教育中心，２００４年成立了医学教育研究和发展中心。学院教务处连续被国家教育部和上海市教育委员会评为全国和上海市优秀教务处。
学院２００３年１１月接受了教育部专家组对本科教学工作水平评估和七年制高等医学教育教学工作两项评估。教育部２００４年公布了评估结果，教学评估取得了“优秀”。