本校於民國三十四年四月廿九日成立。其原名為高雄州立恆春女子農業實踐學校，主持者為日人中蘭昌一，因受二次世界大戰之影響，時值第二次世界大戰末期，盟軍轟炸，終未開學。
迨光復以後，卅四年十一月十日，始由高雄縣接管委員會派恆春國民學校陳校長敏夫接管籌備，慘澹經營，暫借恆春國校開學上課，至三十四年十一月，奉命更名為高雄縣立恆春初級中學，並派陳敏夫兼第一任校長，民國卅六年二月一日，謝清芬先生來校接掌第二任校長，校址遷至文化路三十二號。
民國三十六年六月，謝校長因病呈准辭職，至民國卅六年七月卅一日，王秀男先生接掌為第三任校長，建教室兩間，修建單身宿舍。民國三十八年十一月一日，王校長去職，由殷其藻先生接掌為第四任校長，陸續增班，並增購校地。
殷其藻接任校長在職達十一年，得地方人士支助，先後增建校舍，添置圖書儀器。略具雛型。卅九年十月，台灣實行新行政區域，乃隸屬屏東縣管轄，更名屏東縣立恆春初級中學。
至民國四十四年暑期，惟以地處偏僻，學生外出升學不便，聯銜呈設高中部。四十四學年度奉准試辦高中一班。因校地狹隘，四十五年夏乃商之恆春國校互易竟成，校址交換至文化路二十八號（學校現址）。
四十五年十一月奉令升格為屏東縣立恆春初級中學，復以集會無所，遂籌建
中山堂一座，四十八年五月，樹人堂正式落成。四十九年十月，殷校長奉調轉任苗栗縣立竹南中學校長，遺缺由董世臣奉命接長。
民國四十九年十一月五日董世臣先生接掌為第五任校長，對各種藝能科教室建樹頗多，先後添建教室三間，圖書室、理化實驗室、家事教室各一間。至此建建設稍具規模。
五十二年十一月廿九日董校長他調，陳廷輝先生接掌為第六任校長，在職十二年，大興土木，經費高達千餘萬元，自到職之日起，即殫精竭慮，積極創建，本校學生班數自高中三班初中十七班增至高中六班，初中廿五班，其他建設如：傳達室、籃球場、自來水塔、腳踏車棚、鋪設水泥地面及柏油路面、建花圃、安裝鐵門、砌圍牆、修漆校舍、興建噴水池懷恩亭、總統銅像、孔子銅像以及中正大樓、樂道大樓各一棟、恆中新村、教職員兩層宿舍卅棟，亦經建造完竣，本校始具宏規。
本校自五十七年八月一日起改為恆春國民中學，專責國教任務。 六十四年八月十六日，校長陳廷輝奉調接掌桃園縣立仁美國中（再轉任台南縣立關廟國中校長），李亞君接掌為第七任校長，到職後即加強教學功能，提高讀書風氣，廣植樹木，興建體育館。
六十七年新建視聽、理化教室及教職員餐廳等。六十八年續建家事工藝教室。七十一年五月間破土興建學生活動中心一座。民國七十二年八月二十六日鄭福源先生接任為第八任校長，統合已有之基礎，努力於教育工作的推展。
民國七十六年八月二十二日林正義先生接掌為第九任校長，更秉持教育理想，貫徹五育均衡發展。至民國七十八年八月二十六日林偕勝先生接掌為第十任校長，到任以來，致力於教育革新與校舍重建，身先士卒，甚得地方父老之支持與好評，升學率、生活教育及各項軟硬體建設均大有進步。更秉持教育理想，以「貫徹實施德、智、體、群、美五育均衡發展，務期陶鑄成活活潑潑的好學生，做個堂堂正正的好國民」為目標。
九十年一月林校長他調，由代理校長李飛龍主任接充，九十年八月蕭耀宗先生接掌為第十一任校長，到任以來，致力於教育的革新，身先士卒，起身示範，甚得地方父老之持及好評，期使學生之生活教育大步向前及升學工作之提升。
九十四年八月林偕勝先生重新接掌第十二任校長，展望未來，仍充滿無限的遠景，開創機運，促其另一個新里程碑的實現。
九十六年六月由李飛龍主任及縣府特派王文華參議分別暫代上下學期校長，持續推動本校校務運作。
九十七年八月原車城國中教務主任邱幗英接任第十三任校長，成為恆春國中首位女校長。到職之後全力締造愉快學習環境，培養學生才德兼備，並養成健全人格及正確價值觀，讓每位同學活出信望愛。