安徽医科大学为安徽省省属重点大学。前身是1926年5月创办于
上海的私立东南医学院。1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省，成为安徽省第一所高等医科院校。1952 年改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。学校位于安徽省会
合肥市，校园环境优美，交通便利。
学校的办学定位是建设高水平医科大学。学校将现代著名教育家蔡元培先生为学校前身东南医学院师生的题词“好学力行，造就良医”确立为校训，弘扬“爱国爱民，献身人类健康”的光荣传统，秉承“兴国、奉献、仁爱”的育人理念，倡导践行“求真、求精、求新”的校风学风。
学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、生命科学院学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、国际教育学院、公共基础学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床学院（第一附属医院）、第二临床学院（第二附属医院）、
巢湖临床学院（附属巢湖医院）、第四临床学院（第四附属医院）、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系等直属教学机构。
学校拥有5所直属附属医院（第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属口腔医院——安徽省口腔医院），6所非直属附属医院（附属省立医院、第三附属医院——合肥市第一人民医院、附属合肥医院——合肥市第二人民医院、附属
安庆医院——安庆市立医院、附属
六安医院——六安市人民医院、附属
宿州医院——宿州市立医院），与合肥市共建附属
阜阳医院。学校坚持开放、合作、共赢的方针，与军事医学科学院、清华大学、中科院合肥物质研究院、香港大学等建立战略合作伙伴关系，并在解放军
北京军区总医院、空军总医院、海军总医院、武警总医院、解放军306医院、解放军307医院、新疆自治区人民医院等建立临床学院，目前临床学院达50余所，各专业实践教学基地100余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省市区。
学校设有临床医学（七年制）、临床医学（五年制）、口腔医学、预防医学、生物技术、护理学、公共事业管理、药学、中药学、医事法学、食品质量与安全、临床药学、生物医学工程等24个本科专业。拥有临床医学、药学2个博士学位授权一级学科点，共26个博士学位授权学科点，拥有临床医学博士专业学位授予权，有10个硕士学位授权一级学科点，74个硕士学位授权学科点。建立了药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。皮肤病与性病学为国家重点学科，中药药理学、中医肿瘤病学为国家中医药重点学科，有12个国家临床重点专科， 19个省级重点学科，42个省级临床医学重点学科和重点扶持学科；建有1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地，2个教育部重点实验室、13个中央（财政部）与地方共建实验室，25个省级以上（重点）实验室（工程技术中心、科技公共服务平台、人文社科研究基地），是国家药品临床研究基地。有1个教育部科技创新团队，2个安徽省科技创新团队，3个安徽省“115”科技产业创新团队。跻身国家“中西部高校基础能力提升工程” ，是国家级大学生创新创业训练计划承担高校。《流行病学》、《临床药理学》是国家级精品课程，预防医学、药学、临床医学、公共事业管理专业是国家级高等学校特色专业建设点，临床药理学教学团队为国家级教学团队，公共卫生与预防医学实验教学中心获批国家级实验教学示范中心。启动卓越医生教育培养计划，2个项目跻身国家级试点。1名教授入选“万人计划”第一批教学名师。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖一项。
在职教职工3733人，专任教师队伍中具有博士、硕士学位的教师占88.72%，博士生导师178人，硕士生导师1356人，现有国家“百千万人才工程”，“新世纪优秀人才”，教育部骨干教师，卫生部、人事部突出贡献中青年专家，全国首批青年拔尖人才，“百人计划”，“皖江学者”特聘教授，高校领军人才等30人次。高校高端人才引进团队1个，省部级创新团队6个。有16人次在国际学术组织和SCI源期刊任职，6人次担任国家“十一五”、“十二五”规划教材主编。3人担任国家级专科学会主委，1人在亚洲学术组织担任主席，9人入选教育部高校医药学科指导委员会专家。10多人获得全国、全省模范教师、优秀教师光荣称号。
在校生共18700余人，其中研究生3160余人，留学生250余人。近5年来，学校共承担“863”、“973”计划、国家科技支撑计划和国家自然科学基金项目等420余项。国家自然科学基金立项数近年来保持安徽省属高校领先地位。研究成果分别入选2010年度中国科学十大进展和2012年度中国高校十大科技进展。获国家科技进步二等奖一项、高校自然科学技术奖高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）一等奖一项、中华医学科技奖一等奖三项、中华医学科技奖医学科普奖和卫生管理奖各1项。先后以责任作者单位在《新英格兰医学杂志》、《自然遗传学》等国际著名SCI刊物发表多篇高水平研究论文，在复杂疾病易感基因研究上居国内领先水平。
学校成立了临床药理、皮肤病、卫生事业管理等65个省、校级研究所。编辑出版的国家级及面向全国发行的期刊有《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》、《临床与实验病理学杂志》、《中华疾病控制杂志》等15种。学校藏书86万余册，中外文印刷期刊及网络电子版期刊30余万册，为全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆。
学校同德国、澳大利亚、瑞典、美国、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校开展了密切的交流，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展科研合作。