我校始建于1872年。初为慕贞书院，后称
北京慕贞女中，是中国最早的教会女中之一。与汇文、育英、贝满并称京城“四大教会名校”。1952年更名为北京女十三中，1972年更名为北京市第一二五中学。现有19个教学班，是一所完全中学。
慕贞女中名师荟萃，设备齐全，以优异的教学质量和优良的校风二驰名京城乃至全国。培养出了以工程院士胡亚美为代表的一批妇女英才。慕贞女中的热血青年曾参加“五四”、“抗暴”、“反饥饿”等爱国运动。为北京学生运动史和我校历史写下了光荣的一页。
市女十三中，是教育部确定的首批全国重点中学之一。从五十年代起，接受过近百名归国华侨及越南、马来西亚等外籍学生入校。女十三中不仅有先进的教学设施，雄厚的师资力量，而且因德智体美全面发展的办学特色享有盛誉。毕业生中人才辈出。如我国第一台大型电子计算机研制组组长王力；海洋地理学家王颖；与袁隆平同获亚洲诺贝尔奖的北京外国语大学教授吴青；东方航空公司第一位女机长李燕生；为新华社记者曹荣飞成果实施复明手术的眼外科专家黎树明；中央统战部副部长刘延东等，都曾就读于女十三中。
改革开发给我校再次带来了无限的发展机遇。我们引资改造抓“硬件”建设，我们更新观念抓干部教师队伍的“软件”建设，我们遵循着尊重个性，挖掘潜力，一切为了学生的成长，一切为了祖国需要的办学思想，与时俱进，全面提高着学校对素质教育水平，办学质量得到广泛好评。为
上海复旦大学、北京理工大学、北京外国语大学等高等院校输送大批优秀学子。
我们将以历史的辉煌感召来者，以现实的发展与进步告慰前辈，弘扬典范，秉承传统，开拓创新，以不辱党和国家及伟大的人民赋予今天的一二五中的重大教育使命。